CV. Captura de la recombinación intrahost del SARS-CoV-2 durante la superinfección con variantes Alpha y Epsilon en la ciudad de Nueva York

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Joel O. Wertheim, et al. doi: https://doi.org/10.1101/2022.01.18.22269300

Recopilado por Carlos Cabrera Lozada. Miembro Correspondiente Nacional, ANM puesto 16. ORCID: 0000-0002-3133-5183. 23/01/2022

Resumen

La recombinación es un proceso evolutivo por el cual muchos patógenos generan diversidad y adquieren nuevas funciones. Aunque es una ocurrencia común durante la replicación del coronavirus, la recombinación solo se puede detectar cuando dos virus genéticamente distintos infectan simultáneamente al mismo huésped. Aquí, identificamos un caso de superinfección por SARS-CoV-2, por el cual un individuo fue infectado simultáneamente con dos variantes virales distintas: Alfa (B.1.1.7) y Epsilon (B.1.429). Esta superinfección se observó por primera vez cuando una secuencia del genoma Alfa no pudo exhibir el comportamiento clásico de falla del objetivo del gen S utilizado para rastrear esta variante. La secuenciación completa del genoma a partir de cuatro extractos independientes reveló que los alelos de la variante Alfa comprendían entre el 70-80% de los genomas, mientras que los alelos de la variante epsilon comprendían entre el 20-30% de la muestra. Investigaciones posteriores revelaron la presencia de numerosos haplotipos recombinantes que abarcan el genoma, específicamente en las regiones codificantes de espiga, nucleocápside y ORF 8. Estos hallazgos respaldan el potencial de la recombinación para remodelar la diversidad genética del SARS-CoV-2.

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