CV. Características de la secuencia del SARS-CoV-2 de la persistencia y reinfección de COVID-19

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Choudhary, Manish C et al. «Características de la secuencia del SARS-CoV-2 de la persistencia y reinfección de COVID-19». Enfermedades infecciosas clínicas: una publicación oficial de la Sociedad de Enfermedades Infecciosas de América,ciab380. 27 Abr. 2021, doi:10.1093/cid/ciab380

Recopilado por Carlos Cabrera Lozada. Miembro Correspondiente Nacional, ANM puesto 16. ORCID: 0000-0002-3133-5183. 19/11/2021

Resumen

Fondo: Se han notificado tanto la reinfección por SARS-CoV-2 como la infección persistente, pero no se han descrito las características de la secuencia en estos escenarios. Se evaluaron los casos publicados de reinfección y persistencia del SARS-CoV-2, caracterizando las características de las secuencias de reinfección y la tasa de evolución viral en la infección persistente.

Métodos: Se realizó una revisión sistemática de PubMed para identificar casos de reinfección y persistencia del SARS-CoV-2 con secuencias disponibles. Los cambios de nucleótidos y aminoácidos en la secuencia de reinfección se compararon con las variantes de la comunidad inicial y contemporánea. Se realizó una reconstrucción filogenética medida en el tiempo para comparar la evolución viral intra-huésped en el SARS-CoV-2 persistente con la evolución impulsada por la comunidad.

Resultados: Se identificaron veinte reinfección y nueve casos de infección persistente. Los informes de casos de reinfección abarcaron una amplia distribución de edades, estado de salud inicial, gravedad de la reinfección y ocurrieron tan pronto como 1.5 meses o >8 meses después de la infección inicial. Las secuencias virales reinfectantes tuvieron una mediana de 17,5 cambios de nucleótidos con enriquecimiento en los genes ORF8 y N. El número de cambios no difirió según la gravedad de la reinfección y las variantes de reinfección fueron similares a las secuencias contemporáneas que circulaban en la comunidad. Los pacientes con COVID-19 persistente demostraron una acumulación más rápida de cambios de secuencia que la observada con la evolución impulsada por la comunidad con evolución continua durante el tratamiento con plasma convaleciente o anticuerpo monoclonal.

Conclusiones: La reinfección de los genomas virales del SARS-CoV-2 refleja en gran medida las secuencias circulantes contemporáneas en esa región geográfica, mientras que la COVID-19 persistente se ha descrito en gran medida en individuos inmunodeprimidos y se asocia con una evolución viral acelerada.

Palabras clave: SARS-CoV-2; inmunosupresión; COVID-19 persistente; reinfección; análisis de secuencia.

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