Supervisión de proporciones de variantes
CDC COVID Data Tracker: Variant Proportions
Recopilado por Carlos Cabrera Lozada. Miembro Correspondiente Nacional, ANM puesto 16. ORCID: 0000-0002-3133-5183. 07/01/2022
El SARS-CoV-2, el virus que causa COVID-19, cambia constantemente y acumula mutaciones en su código genético a lo largo del tiempo. Nuevas variantes de Se espera que el SARS-CoV-2 continúe surgiendo. Algunas variantes surgirán y desaparecerán, mientras que otras surgirán y continuarán propagándose y puede reemplazar las variantes anteriores.
Para identificar y rastrear las variantes del SARS-CoV-2, los CDC utilizan la vigilancia genómica. El sistema nacional de vigilancia genómica de los CDC recolecta especímenes de SARS-CoV-2 para su secuenciación a través de la cepa nacional de SARS-CoV-2 Programa de vigilancia (NS3), así como secuencias de SARS-CoV-2 generadas por laboratorios comerciales o académicos contratados por los CDC y el estado o laboratorios locales de salud pública. Las secuencias genéticas del virus se analizan y clasifican como una variante particular. La proporción de variantes en una población se calcula a nivel nacional, por región del HHS y por jurisdicción. Las miles de secuencias analizadas cada semana a través de los CDC Los esfuerzos nacionales de secuenciación genómica y bioinformática impulsan el sistema de vigilancia integral y basado en la población de los Estados Unidos establecido para Identificar y monitorear la propagación de variantes.
Los datos de secuenciación genómica rápida del virus combinados con datos fenotípicos se utilizan además para determinar si las pruebas, los tratamientos y las pruebas de COVID-19 y Las vacunas autorizadas o aprobadas para su uso en los Estados Unidos funcionarán contra las variantes emergentes.
Tipos de datos de proporción de variantes
Los CDC proporcionan estimaciones de proporciones variantes de dos maneras: estimaciones ponderadas y estimaciones de Nowcast.
Las estimaciones ponderadas (proporcionadas para todas las semanas excepto las tres semanas más recientes) son proporciones variantes que se basan en datos empíricos (observados) de secuenciación genómica. Estas estimaciones no están disponibles para las semanas más recientes debido al tiempo que lleva generar los datos no ponderados, incluida la recolección de muestras, el tratamiento de muestras, el envío, el análisis y la carga en bases de datos públicas.
Los sublinajes con estimaciones ponderadas de menos del 1% de todas las variantes circulantes se combinan con su linaje padre. Cuando la estimación ponderada de un sublinaje cruza el umbral del 1% y tiene sustituciones en la proteína espiga que podrían afectar la eficacia, transmisión o gravedad de la vacuna, puede separarse de su linaje padre y mostrarse por sí sola en los datos de proporciones variantes.
Las estimaciones de Nowcast (proporcionadas para las tres semanas más recientes cuando se selecciona la opción «Nowcast on» a continuación) son proyecciones basadas en modelos de proporciones variantes para las semanas más recientes para permitir una acción oportuna de salud pública. Los CDC usan Nowcast para pronosticar proporciones variantes antes de que las estimaciones ponderadas estén disponibles para una semana determinada. Estas proyecciones pueden ser inciertas o fluctuar dentro de un amplio intervalo predictivo cuando una variante apenas comienza a propagarse (es decir, tiene un número bajo de secuencias y tiene una tasa de crecimiento inestable). Pequeños cambios en la tasa de crecimiento basados en un pequeño número de secuencias pueden conducir a un amplio margen de error en las proyecciones.
Las estimaciones de Nowcast para el sublinaje padre incluyen cambios proyectados en sus sublinajes hijos hasta que la estimación ponderada de un sublinaje cruza el umbral del 1%. Una vez que la estimación ponderada cruza el umbral del 1%, la estimación inicial de Nowcast para el sublinaje puede ser sustancialmente superior al 1%.
Los CDC proporcionan proporciones variantes actualizadas para estimaciones ponderadas y estimaciones de Nowcast cada semana el viernes.