CV. ¿De dónde vino el ‘raro’ Ómicron?

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Por: KAI KUPFERSCHMIDT, doi: 10.1126/science.acx9754

Recopilado por Carlos Cabrera Lozada. Miembro Correspondiente Nacional, ANM puesto 16. ORCID: 0000-0002-3133-5183. 02/12/2021

Desde que los científicos sudafricanos anunciaron la semana pasada que habían identificado una nueva variante inquietante del SARS-CoV-2, el mundo ha esperado ansiosamente pistas sobre cómo podría cambiar la trayectoria de la pandemia. Pero un misterio tan grande, aunque menos urgente, es dónde y cómo evolucionó Omicron, y qué lecciones tiene su aparición para evitar futuras variantes peligrosas.

Omicron claramente no se desarrolló a partir de una de las variantes anteriores de preocupación, como Alpha o Delta. En cambio, parece haber evolucionado en paralelo, y en la oscuridad. Omicron es tan diferente de los millones de genomas del SARS-CoV-2 que se han compartido públicamente que es difícil identificar a su pariente más cercano, dice Emma Hodcroft, viróloga de la Universidad de Berna. Probablemente divergió temprano de otras cepas, dice. «Yo diría que se remonta a mediados de 2020».

Eso plantea la cuestión de dónde acecharon los predecesores de Omicron durante más de un año. Los científicos ven esencialmente tres posibles explicaciones: el virus podría haber circulado y evolucionado en una población con poca vigilancia y secuenciación. Podría haberse gestado en un paciente con COVID-19 infectado crónicamente. O podría haber evolucionado en una especie no humana, de la que recientemente se derramó de nuevo en las personas.

Christian Drosten, virólogo del Hospital Universitario Charité de Berlín, favorece la primera posibilidad. «Supongo que esto evolucionó no en Sudáfrica, donde se está llevando a la secuenciación, sino en algún otro lugar del sur de África durante la ola de invierno», dice. «Hubo muchas infecciones durante mucho tiempo y para que este tipo de virus evolucione realmente se necesita una gran presión evolutiva».

Pero Andrew Rambaut, de la Universidad de Edimburgo, no puede ver cómo el virus podría haber permanecido oculto en un grupo de personas durante tanto tiempo. «No estoy seguro de que realmente haya en ningún lugar del mundo que esté lo suficientemente aislado como para que este tipo de virus se transmita durante ese período de tiempo sin que emerja en varios lugares», dice.

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En cambio, Rambaut y otros proponen que el virus probablemente se desarrolló en un paciente con COVID-19 infectado crónicamente, probablemente alguien cuya respuesta inmune se vio afectada por otra enfermedad o un medicamento. Cuando Alpha se descubrió por primera vez a fines de 2020, esa variante también parecía haber adquirido numerosas mutaciones a la vez, lo que llevó a los investigadores a postular una infección crónica. La idea se ve reforzada por la secuenciación de muestras de SARS-CoV-2 de algunos pacientes con infecciones crónicas.

«Creo que la evidencia que lo respalda se está volviendo más fuerte», dice Richard Lessells, investigador de enfermedades infecciosas en la Universidad de Kwa-Zulu-Natal. En un caso que Lessells y sus colegas describieron en un preprint,una mujer joven en Sudáfrica con una infección por VIH no controlada portaba el SARS-CoV-2 durante más de 6 meses. El virus acumuló muchos de los mismos cambios observados en las variantes de preocupación, un patrón que también se observó en otro paciente cuya infección por SARS-Cov-2 persistió aún más tiempo.

Para evitar una posible fuente de variantes futuras, Lessells dice: «Lo que tenemos que hacer es cerrar las brechas en la cascada de tratamiento del VIH. Por lo tanto, necesitamos que todos sean diagnosticados, necesitamos que todos reciban tratamiento, y necesitamos que aquellos que actualmente están en tratamiento ineficaz reciban regímenes de tratamiento efectivos».

Pero Drosten dice que la experiencia con infecciones crónicas de influenza y otros virus en pacientes inmunodeprimidos argumenta en contra de esta hipótesis para Omicron. Las variantes que eluden el sistema inmunológico se desarrollan en tales personas, pero vienen con una serie de otros cambios que los hacen menos capaces de transmitir de persona a persona. «Estos virus tienen una condición física muy baja en el mundo real». Esto se debe a que las mutaciones que permiten que un virus sobreviva en un individuo a lo largo del tiempo pueden ser muy diferentes de las necesarias para propagarse mejor de una persona a otra.

Jessica Metcalf, bióloga evolutiva del Instituto de Estudios Avanzados de Berlín, no está tan segura de que eso sea cierto para el SARS-CoV-2. «Creo que una de las razones por las que a este virus le ha ido tan bien es que una mejor unión a ACE2 [su receptor en las células humanas] ayuda tanto a la propagación dentro del huésped como a la propagación entre el huésped». Aún así, por el momento, está de acuerdo con Drosten en que Omicron probablemente circuló y evolucionó en una población oculta.

Algunos piensan que el virus podría haberse escondido en roedores u otros animales, en lugar de personas, y por lo tanto experimentaron diferentes presiones evolutivas que seleccionaron nuevas mutaciones. «El genoma es tan extraño», dice Kristian Andersen, señalando su mezcla de mutaciones, muchas de las cuales no se han visto antes en otras variantes.

«Es interesante, lo locamente diferente que es», dice el biólogo evolutivo Mike Worobey de la Universidad de Arizona. Aunque favorece a una persona inmunodeprimida como fuente de Omicron, Worobey señala que el 80 por ciento de los ciervos de cola blanca muestreados en Iowa entre finales de noviembre de 2020 y principios de enero de 2021 portaban SARS-CoV-2, según una preimpresión reciente. «Me hace preguntarme si otras especies pueden infectarse crónicamente, lo que potencialmente proporcionaría este tipo de presión selectiva con el tiempo».

Es demasiado pronto para descartar cualquier teoría sobre el origen de Omicron, dice Aris Katzourakis, biólogo evolutivo de la Universidad de Oxford, pero es escéptico del escenario animal, dado el gran número de infecciones humanas. «Comenzaría a preocuparme más por los reservorios animales si tuviéramos éxito en la supresión del virus, y luego podría verlo como un lugar donde podría esconderse».

Muchos líderes mundiales de la salud han utilizado la aparición de Omicron para centrar la atención del mundo en la enorme brecha entre las vacunas contra la COVID-19 en los países más ricos y más pobres. Richard Hatchett, jefe de la Coalición para las Innovaciones en Preparación para Epidemias, abrió sus comentarios en la Asamblea Mundial de la Salud el lunes diciendo que la baja cobertura de vacunas en Sudáfrica y Botswana había «proporcionado un ambiente fértil» para la evolución de la variante. «La inequidad global que ha caracterizado la respuesta global ahora ha llegado a casa para descansar», dijo.

Sin embargo, hay poca evidencia que respalde esa afirmación, dicen algunos científicos. «La idea de que si hubiéramos vacunado más en África, no tendríamos esto: me gustaría que eso fuera cierto, pero literalmente no tenemos forma de saberlo», dice Katzourakis. Por ahora, las lecciones que se extraerán de Omicron siguen siendo tan desconocidas como su origen.

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