CV. Evidencia de coinfecciones y recombinación por SARS-CoV-2 Delta y Ómicron

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Alejandro Bolze, et al. doi: https://doi.org/10.1101/2022.03.09.22272113

Recopilado por Carlos Cabrera Lozada. Miembro Correspondiente Nacional, ANM puesto 16. ORCID: 0000-0002-3133-5183. 18/03/2022

Resumen

Entre noviembre de 2021 y febrero de 2022, las variantes Delta y Ómicron del SARS-CoV-2 circularon conjuntamente en los Estados Unidos, lo que permitió coinfecciones y posibles eventos de recombinación. Secuenciamos 29.719 muestras positivas durante este período y analizamos la presencia y fracción de lecturas que apoyan mutaciones específicas de la variante Delta u Ómicron. Nuestro protocolo de secuenciación utiliza la captura de hibridación y, por lo tanto, está menos sujeto a los artefactos observados en los enfoques basados en amplicones que pueden conducir a señales espurias para los recombinantes. Identificamos 20 coinfecciones, una de las cuales mostró evidencia de una población viral recombinante baja. También identificamos dos casos independientes de infección por un virus recombinante Delta-Ómicron, donde el 100% del ARN viral provino de un recombinante clonal. En ambos casos, el extremo 5′ del genoma viral era del genoma Delta, y el extremo 3′ de Ómicron, aunque los puntos de ruptura eran diferentes. Los virus recombinantes Delta-Ómicron fueron raros, y actualmente no hay evidencia de que los dos virus recombinantes Delta-Ómicron identificados sean más transmisibles entre los huéspedes en comparación con los linajes Ómicron circulantes.

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