La infección por SARS-CoV-2 suele ser muy leve y, a menudo, asintomática en los niños. Una complicación es el raro síndrome inflamatorio multisistémico en niños (MIS-C) asociado con COVID-19, que se presenta 4-6 semanas después de la infección como fiebre alta, disfunción orgánica y marcadores de inflamación muy elevados. La patogenia no está clara, pero tiene características superpuestas con la enfermedad de Kawasaki que sugieren vasculitis y una probable etiología autoinmune. Aplicamos análisis a nivel de sistemas de células inmunitarias sanguíneas, citocinas y autoanticuerpos en niños sanos, niños con enfermedad de Kawasaki inscritos antes de COVID-19, niños infectados con SARS-CoV-2 y niños que presentan MIS-C. Encontramos que la respuesta inflamatoria en MIS-C difiere de la tormenta de citocinas del COVID-19 agudo severo, comparte varias características con la enfermedad de Kawasaki, pero también difiere de esta condición con respecto a los subconjuntos de células T, IL-17A y biomarcadores asociados con daño arterial. Finalmente, el perfil de autoanticuerpos sugiere múltiples autoanticuerpos que podrían estar involucrados en la patogénesis de MIS-C.