CV. Nacimiento de la familia Ómicron: BA.1, BA.2, BA.3. Cada uno tan diferente como Alpha es de Delta.

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Guillermo A. Haseltine Colaborador Atención sanitaria CORONAVIRUS

Recopilado por Carlos Cabrera Lozada. Miembro Correspondiente Nacional, ANM puesto 16. ORCID: 0000-0002-3133-5183. 28/01/2022

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Curso de tiempo para la evolución de variantes significativas del SARS-CoV-2, nótese la considerable divergencia … [+] NEXTSTRAIN.ORG

Este es el primero de una serie sobre la variante Ómicron, discutiendo específicamente sus linajes derivados: BA.1, BA.2 y BA.3. Hemos especulado previamente sobre el origen potencial de Omicron en un artículo anterior.

La variante Ómicron ha seguido sorprendiendo por su aparición repentina, su evidente capacidad para evadir tanto las vacunas como las respuestas inmunes, y su rápida propagación en todo el mundo. Hay otra sorpresa enterrada en la aparición de Ómicron . La variante no es una sola cepa, sino más bien una familia de tres: BA.1, BA.2 y BA.3.

Debemos tomarnos en serio los tres subarrendamientos. BA.1 es el subalinaje más prolífico, detectado en la mayoría de los países del mundo y que actualmente representa el 99% de los casos en los Estados Unidos. BA.2 es menos prolífico, pero ha superado a BA.1 en Dinamarca, Nepal y Filipinas como la variante más frecuentemente detectada, y tiene una presencia menor en india, reino unido y varios otros países. El tercero, BA.3, aún no ha despegado a nivel mundial, y solo representa varios cientos de casos como máximo.

Cada una de estas variantes es tan diferente entre sí como Alfa, Beta, Gamma y Delta entre sí. Lo que esto significa para el estado actual de la pandemia es incierto. Sin embargo, una cosa está clara: el SARS-CoV-2 tiene una enorme capacidad no solo para seguir produciendo nuevas variantes, sino variantes que nos sorprenden tanto en su número como en sus propiedades biológicas.

Aquí, presentamos la familia de variantes Ómicron . Descripciones más detalladas de cada cepa seguirán a esta introducción. Ya hemos descrito BA.1 en una historia anterior bajo el apodo de » Ómicron » antes de que la familia fuera evidente. En esta primera entrada, presentaremos los tres, cómo divergieron de la cepa de Wuhan y cómo se comparan entre sí.

Al igual que con cualquier variante del SARS-CoV-2, volvemos a la fuente del virus: la cepa de Wuhan de tipo salvaje. Este es el plan para todas las variantes por venir. La variante significativa no tiene nombre de letra griega, pero rápidamente desplazó a Wuhan en casi todas partes del mundo, excepto en África Oriental. Aquí lo llamamos la Tríada, un nombre que denota tres mutaciones, la mutación D614G en la proteína Spike, la mutación P323L en la polimerasa NSP12 y la mutación no codificante C241U en el extremo 5′. La Tríada es la variante fundadora de todas las variantes de virus de preocupación. 

FIGURA 1
FIGURA 1: Distancias evolutivas entre las principales variantes de preocupación, la familia de virus Ómicron , … [+] ACCESS SALUD INTERNACIONAL

Observamos que la variante de Ómicron difiere significativamente de otras variantes importantes de preocupación. Identificamos un precursor, que llamamos el padre Omicron, que probablemente haya aumentado alrededor de marzo de 2021. Los tres subrajales comparten 39 mutaciones, que incluimos como el presunto «padre de Ómicron «. El progenitor Ómicron divergió en la familia Ómicron: BA.1, que contiene 20 mutaciones adicionales; BA. 2, que incluye 27 adicionales; y BA.3, que consta de 13 adicionales. Sorprendentemente, todos los miembros de la familia fueron detectados simultáneamente en Sudáfrica, aunque probablemente divergieron de uno varios meses antes. Este es un ejemplo único de tales cepas altamente divergentes que aparecen en una población simultáneamente.

FIGURA 2
FIGURA 2: Linaje de virus de la familia Omicron. La fecha incluida es cuando esa variante específica fue … [+] ACCESS SALUD INTERNACIONAL

De las 39 mutaciones introducidas en el precursor de Ómicron , la mayoría se localizan en la proteína Spike. Esta es la región del virus que hace contacto con el receptor ACE2 de la célula huésped y juega un papel importante en la transmisibilidad y evasión de anticuerpos neutralizantes. Las mutaciones no relacionadas con la proteína S se esparcen por todas partes y pueden desempeñar un papel igualmente importante en la transmisión y patogénesis del virus. La Figura 3 muestra las similitudes y diferencias entre los tres subrajías.

FIGURA 3
FIGURA 3: Diagrama de Venn que muestra las similitudes y diferencias entre las tres familias Ómicron … [+] ACCESS SALUD INTERNACIONAL

La clase más grande de mutaciones se comparte entre los tres miembros de la familia Ómicron . La Figura 3 también enfatiza las diferencias entre las tres variantes. Reiteramos que BA.1, BA.2 y BA.3 difieren entre sí tanto como las variantes Alfa, Beta, Gamma y Delta difieren entre sí. Varias mutaciones difieren entre las tres también. Sospechamos que estas diferencias se reflejarán en las características sépticas de cada variante que afectan la tasa de crecimiento, la supresión de la inmunidad innata, la virulencia y la evasión de la vacuna.

Ya se sabe que Ómicron (BA.1) tiene algunas propiedades biológicas inusuales en relación con las otras variantes. Lo más sorprendente es que es 2.7-3.7 veces más transmisible que Delta. El origen del aumento de la transmisibilidad es un misterio, ya que la concentración del virus en las secciones nasales no es excepcionalmente alta y, de hecho, es más baja que la de Delta. Además, la afinidad del pico BA.1 por el receptor ACE2 es solo el doble que la cepa de Wuhan. Especulamos que el aumento de la transmisibilidad puede estar en las mutaciones encontradas en las proteínas no estructurales, estructurales y accesorias que se encuentran en todo el genoma.

Otra propiedad biológica es cómo Ómicron entra en la célula. El tipo salvaje de Wuhan y todas las variantes anteriores entran en primaria a través de la fusión de membrana a membrana. Ómicron parece preferir una ruta endosomal similar al SARS-CoV (el virus del SARS) pero diferente de todas las variantes caracterizadas anteriormente. Ómicron no induce la fusión de célula a célula (formación sincitial) en cultivo celular, consistente con la entrada endosomal.

FIGURA 4
FIGURA 4: Membrana a membrana vs. entrada endosomal de SARS-CoV-2 en Delta vs. Omicron GEORGINA BROWN/JOE GROVE/INSIDER

El cambio fundamental en la entrada celular puede explicarse por un conjunto de mutaciones descritas por Martin et al. Describen tres grupos de mutaciones que aparecen en la variante del SARS-CoV-2 muy raramente, si es que lo hacen, basándose en los 7,4 millones de secuencias del SARS-CoV-2 en GISAID.

El primer grupo está compuesto por mutaciones de unión a receptores G339D, S371F/L, S373P y S375F. El segundo grupo está compuesto por mutaciones de dominio de unión a receptores Q493R, G496S, Q498R e Y505H. El tercero está compuesto por las mutaciones del dominio de fusión N764K, N856K, Q954H, N969K y L981F. La combinación de estos grupos bien puede conducir a la preferencia modificada de la entrada celular. Observamos que tres de estas mutaciones, G496S, N856K y L981F, se encuentran solo en BA.1, no en BA.2 o BA.3. Esto puede afectar la aptitud viral de BA.1 en relación con sus subrajías hermanas. Cómo y en qué medida se ven afectados, aún no lo sabemos.

FIGURA 5
FIGURA 5: Tres mutaciones del grupo spike en Ómicron descritas por Martin et al. MARTIN ET AL.

Esta serie tiene como objetivo comprender Ómicron y sus subrajías con más detalle, ya que son, con mucho, la versión más transmisible del SARS-CoV-2 hasta la fecha, pero afortunadamente menos patógena, al menos para adultos jóvenes sanos bien vacunados. Examinaremos las mutaciones en BA.2 y BA.3 en historias que seguirán pronto.

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