Thomas P. Pavo Real, et al. Fuente: Putative host origins of RNA insertions in SARS-CoV-2 genomes – SARS-CoV-2 coronavirus – Virological
Recopilado por Carlos Cabrera Lozada. Miembro Correspondiente Nacional, ANM puesto 16. ORCID: 0000-0002-3133-5183. 05/12/2021
Resumen
El SARS-CoV-2 continúa evolucionando y adaptándose a los humanos. En este informe, describimos las inserciones de ARN, particularmente aquellas en la proteína Espiga del SARS-CoV-2, y mostramos cómo se agrupan principalmente en el dominio N-terminal de Espiga y en el sitio de escisión S1 / S2. Si bien muchas secuencias de inserción parecen ser de origen viral, encontramos que un subconjunto de inserciones muestran homología a secuencias de ARN de transcripciones del huésped, lo que implica la incorporación de secuencias cortas de ARN del huésped durante la replicación del genoma viral.
Introducción
En el transcurso de la pandemia de COVID-19, el SARS-CoV-2 ha acumulado mutaciones que probablemente lo adapten aún más a los humanos. Estas mutaciones se han producido a través de tres mecanismos principales: sustituciones de ARN, deleciones y, con menos frecuencia, inserciones. Las inserciones han sido menos bien caracterizadas, pero son de particular interés debido a que i) son menos «aleatorias» que las deleciones/ sustituciones, ya que requieren una fuente de la nueva secuencia de ARN y ii) son de particular interés para el origen del SARS-CoV-2, que tiene un inserto único de 12 nucleótidos en su proteína Spike, lo que resulta en la creación de un sitio de escisión de furina.
Varios linajes variantes contienen inserciones en sus proteínas espiga, especialmente la variante de interés, Mu (o B.1.621) que contiene una inserción de 3 nucleótidos en su región aa ~ 140 de Spike, así como las variantes A.2.5 y B.1.214.2 que tienen inserciones en la región del punto caliente de inserción aa ~ 210 (Gerdol, Dishnica et al. 2021). Además de las variantes circulantes, también se han identificado inserciones en infecciones crónicas de individuos (Hoffman, Costales et al. 2021), y tras el paso en serie del SARS-CoV-2 en cultivo celular (Andreano, Piccini et al. 2021, Shiliaev, Lukash et al. 2021).
En este informe investigamos los posibles orígenes de las inserciones generalizadas y raras en el genoma del SARS-CoV-2, y relacionamos esto con lo que se sabe sobre las inserciones del genoma en otros virus de ARN.