Después de su aparición en Wuhan, China, a fines de noviembre o principios de diciembre de 2019, el virus del síndrome respiratorio agudo coronavirus 2 (SARS-CoV-2) se propagó rápidamente a nivel mundial. La secuenciación del genoma del SARS-CoV-2 permite la reconstrucción de su historial de transmisión, aunque esto obviamente depende del muestreo. Este estudio analizó 453 genomas de SARS-CoV-2 recolectados entre el 20 de febrero y el 15 de marzo de 2020 de pacientes infectados en el estado de Washington en los Estados Unidos. Encontramos que la mayoría de las infecciones por SARS-CoV-2 muestreadas durante este tiempo se derivan de una única introducción a fines de enero o principios de febrero de 2020, que posteriormente se propagaron localmente antes de la vigilancia comunitaria activa fuera implementada.
Estos resultados resaltan la necesidad crítica de una vigilancia generalizada para la transmisión comunitaria del SARS-CoV-2 en los Estados Unidos y el resto del mundo, incluso después de que la pandemia actual esté bajo control. El amplio espectro de gravedad de la enfermedad hace que dicha vigilancia sea un desafío. La combinación de la vigilancia de la salud pública tradicional y la epidemiología genómica puede proporcionar conocimientos prácticos, como sucedió en este caso: al secuenciar el caso comunitario inicial el 29 de febrero de 2020, los resultados se compartieron inmediatamente con las agencias de salud pública nacionales, estatales y locales, lo que dio como resultado el rápido despliegue de las políticas de distanciamiento social a medida que Seattle y el estado de Washington se enfrentaron al alcance de la propagación del COVID-19 existente. La confirmación de la transmisión local en Seattle provocó un cambio en los criterios de prueba para enfatizar a las personas sin historial de viajes. A partir del 29 de febrero, los datos genómicos se publicaron inmediatamente en la base de datos de secuencias de GISAIDEpiCoV y se analizaron junto con otros genomas públicos del SARS-CoV-2 mediante la plataforma en línea Nextstrain para proporcionar un conocimiento inmediato y público de la situación. Vemos la combinación de la vigilancia comunitaria, el análisis genómico y el intercambio público de resultados en tiempo real como un camino para potenciar los sistemas de vigilancia de enfermedades infecciosas.
