Para hallar una posible explicación entre varias opciones, al resurgimiento del Covid-19 en Manaos, los linajes del SARS-CoV-2 podrían evadir la inmunidad generada en respuesta a una infección previa. Tres linajes del SARS-CoV-2 detectados recientemente (B.1.1.7, B.1.351 y P.1) son inusualmente divergentes y cada uno posee un constelación única de mutaciones de importancia biológica potencial. De éstas, dos están circulando en Brasil (B.1.1.7 y P.1) y una (P.1) se detectó en Manaus el 12 de enero de 2021. Un caso de la reinfección por SARS-CoV-2 se ha asociado con el linaje P.1 en Manaos que acumuló diez mutaciones de proteína de pico únicas, incluidas E484K y N501K. Además, el linaje P.2 recién clasificado (sublinaje de B.1.128 que acumuló independientemente el spike E484K) se ha detectado en varios lugares de Brasil, incluido Manaos Se detectaron variantes de P.2 con la mutación E484K en dos personas que han sido reinfectados con SARS-CoV-2 en Brasil, y existe evidencia in vitro de que la presencia de la mutación E484K reduce la neutralización por anticuerpos policlonales en sueros convalecientes.
Otra posibilidad es que los linajes de SARS-CoV-2 que circulan en el segundo pico podrían tener una transmisibilidad inherente más alta que los linajes preexistentes que circulan en Manaos. El linaje P.1 se descubrió por primera vez en Manaos en un estudio preliminar, este linaje alcanzó una alta frecuencia (42%, 13 de 31) entre las muestras de genoma obtenidas de casos de COVID-19 en diciembre de 2020, pero estuvo ausente en 26 muestras recolectadas en Manaus entre marzo y noviembre de 2020.16 Hasta el momento, se sabe poco sobre la transmisibilidad del linaje P.1, pero comparte varias mutaciones adquiridas de forma independiente con B.1.1.7 (N501Y) y B.1.325 (K417N / T, E484K, N501Y) que circulan en el Reino Unido y Sudáfrica, que parecen tener una mayor transmisibilidad. Se necesitan datos de rastreo de contactos e investigación de brotes para comprender mejor la transmisibilidad relativa de este linaje.