Aplicación de la secuenciación metagenómica de próxima generación en el diagnóstico de patógenos infecciosos pulmonares a partir de muestras de lavado broncoalveolar

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Chen, Y., et al. Fronteras en microbiología celular y de infecciones, 11, 541092. https://doi.org/10.3389/fcimb.2021.541092

Recopilado por Carlos Cabrera Lozada. Miembro Correspondiente Nacional, ANM puesto 16 . ORCID: 0000-0002-3133-5183. 28/05/2022

Resumen

Fondo: La secuenciación metagenómica de próxima generación (mNGS) es un método poderoso para la detección de patógenos. En este estudio, evaluamos el valor de mNGS para muestras de lavado broncoalveolar (BAL) en el diagnóstico de infecciones pulmonares.

Métodos: De febrero de 2018 a abril de 2019, se recolectaron muestras de BAL de 235 pacientes con sospecha de infecciones pulmonares. Se realizaron mNGS y cultivo microbiano para evaluar la efectividad de mNGS en el diagnóstico de infección pulmonar.

Resultados: Empleamos mNGS para evaluar la diversidad alfa, los resultados sugieren que los pacientes con patógenos confirmados tenían un índice de diversidad microbiana más bajo en comparación con el de los pacientes con patógenos inciertos. Para los pacientes ingresados en la unidad de cuidados intensivos respiratorios (RICU) o en un ventilador, experimentaron un índice de diversidad más bajo que el de los pacientes en la sala general o no en un ventilador. Además, los mNGS de BAL tuvieron una sensibilidad diagnóstica del 88,89% y una especificidad del 14,86% en la infección pulmonar, con un valor predictivo positivo (VPP) del 21,16% y un valor predictivo negativo (VNP) del 83,87%. Cuando se excluyeron los patógenos raros, la sensibilidad de mNGS disminuyó a 73.33%, y la especificidad aumentó a 41.71%. Para los pacientes en el grupo de infección pulmonar simple y el grupo inmunocomprometido, los principales tipos de infección fueron infección bacteriana (58,33%) e infección mixta (43,18%). Además, mNGS tuvo una ventaja sobre el cultivo en la descripción del ecosistema polimicrobiano, demostrando la distribución microbiana y las cepas dominantes del tracto respiratorio en pacientes con diferentes enfermedades subyacentes.

Conclusiones: El estudio indicó que los mNGS de muestras de BAL podrían proporcionar información diagnóstica más precisa en infecciones pulmonares y demostrar los cambios del microbioma respiratorio en diferentes enfermedades subyacentes. Este método podría desempeñar un papel importante en el uso clínico de agentes antimicrobianos en el futuro.

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