MPoxVR: Un recurso genómico integral para la vigilancia de variantes del virus de la viruela del mono

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Yingke M, et al. DOI:https://doi.org/10.1016/j.xinn.2022.100296

Recopilado por Carlos Cabrera Lozada. Miembro Correspondiente Nacional, ANM puesto 16 . ORCID: 0000-0002-3133-5183. 30/08/2022

La viruela del mono es una enfermedad zoonótica viral endémica en África Central y Occidental. Desde el 1 de enero de 2022, se han notificado 3413 casos de viruela del mono confirmados por laboratorio y una muerte en 50 países/territorios de cinco regiones de la OMS (al 22 de junio de 2022; https://www.who.int/emergencies/disease-outbreak-news/item/2022-DON396), y se han reportado 1310 nuevos casos y ocho nuevos países en la última semana. La epidemiología genómica es vital para determinar la similitud entre los virus y sugerir posibles vínculos entre los casos, los orígenes de la infección y la dinámica de transmisión cuando se combina con la información epidemiológica. Sin embargo, una de las brechas de evidencia prioritarias relacionadas con el brote de viruela del mono es la secuenciación del genoma y el análisis de variación en el huésped.1 Por lo tanto, el intercambio oportuno tanto de datos de secuencia en bruto como de datos genómicos de consenso es útil para los investigadores de salud pública y los socios académicos que realizan estudios relacionados. Varias bases de datos han creado recursos relacionados con la viruela o la viruela del mono. Estos incluyen la Iniciativa Mundial para Compartir Todos los Datos sobre la Influenza (GISAID; https://www.epicov.org/epi3/), Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/virus/vssi/), NextStrain (https://nextstrain.org/monkeypox/hmpxv1), Virus Pathogen Resource (ViPR; https://www.viprbrc.org/brc/home.spg?decorator=pox) y Viralzone (https://viralzone.expasy.org/9957). La mayoría de estos recursos copiaron secuencias genómicas y metadatos de GenBank sin curación de valor agregado. Además, carecen de análisis de variación de secuencia, herramientas o publicaciones específicas para el virus de la viruela del mono.Para ayudar a la comunidad científica a acceder rápidamente a la información genómica de la viruela del mono, el Centro Nacional de Bioinformación de China (CNCB)-Centro Nacional de Datos Genómicos (NGDC) creó el Recurso del Virus de la Viruela del Mono (MPoxVR; https://ngdc.cncb.ac.cn/gwh/poxvirus/), un recurso de información de acceso abierto sobre el virus de la viruela del mono (MPXV). MPoxVR presenta la integración de secuencias del genoma MPXV y metadatos de valor agregado y ofrece servicios personalizados de recuperación y descarga de datos. A partir del 26 de julio de 2022, MPoxVR ha integrado 767 secuencias MPXV (Figura 1A) de 17 hosts diferentes de NCBI. Entre ellos, 403 (53%) tienen un genoma completo que cubre todos los genes codificantes de proteínas. Sorprendentemente, al 6% de las secuencias les falta información de metadatos críticos, como el huésped del virus, la fecha de recolección de la muestra o la ubicación geográfica del muestreo, que son importantes para identificar las redes de transmisión y comprender los modos de transmisión. Incluso por el brote de viruela del mono en mayo de 2022, la fecha de muestreo específica está incompleta para 206 (51%) secuencias completas. Mediante la curación manual de publicaciones relacionadas, se agregaron los metadatos faltantes o incompletos para la mayoría de las secuencias completas en MPoxVR, excepto tres secuencias, que mejoraron significativamente la calidad y disponibilidad de los datos del genoma.

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