Secuenciación por nanoporos de una cepa del virus de la viruela del mono aislada de una lesión pustulosa en la República Centroafricana

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Vandenbogaert, M., et al. (2022). Secuenciación por nanoporos de una cepa del virus de la viruela del mono aislada de una lesión pustulosa en la República Centroafricana. Informes científicos12(1), 10768. https://doi.org/10.1038/s41598-022-15073-1

Recopilado por Carlos Cabrera Lozada. Miembro Correspondiente Nacional, ANM puesto 16 . ORCID: 0000-0002-3133-5183. 26/06/2022

Resumen

La viruela del mono es una enfermedad zoonótica emergente y desatendida cuyo número de casos notificados ha ido aumentando gradualmente en África Central desde 1980. Esta enfermedad es causada por el virus de la viruela del mono (MPXV), que pertenece al género Orthopoxvirus de la familia Poxviridae. La obtención de datos moleculares es particularmente útil para establecer las relaciones entre las cepas virales involucradas en los brotes en los países afectados por esta enfermedad. En este estudio, evaluamos el uso del secuenciador en tiempo real MinION, así como diferentes herramientas de pulido en el genoma secuenciado por MinION para secuenciar el genoma MPXV originado a partir de una lesión pustulosa en el contexto de una epidemia en un área remota de la República Centroafricana. Las lecturas correspondientes al genoma MPXV se identificaron utilizando dos clasificadores taxonómicos, Kraken2 y Kaiju. El ensamblaje de estas lecturas condujo a una secuencia completa de 196.956 bases, que es 6322 bases más larga que la secuencia obtenida previamente con la secuenciación de Illumina a partir de la misma muestra. La comparación de las dos secuencias mostró principalmente indels en las regiones homopoliméricas. Sin embargo, el uso combinado de Canu con herramientas de pulido específicas como Medaka y Homopolish fue la mejor combinación que redujo sus números sin agregar desajustes. Aunque se sabe que la secuenciación MinION introduce una serie de errores característicos en comparación con la secuenciación de Illumina, las nuevas herramientas de pulido permiten un genoma secuenciado con MinION de mejor calidad, por lo que se utilizará para ayudar a determinar el origen de la cepa a través del análisis filogenético.

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