Blanco-Melo, D., Campbell, M.A., Zhu, H. et al. Un enfoque novedoso para explorar el genoma oscuro y su aplicación al mapeo del registro fósil de virus de vertebrados. Genoma Biol 25, 120 (2024). https://doi.org/10.1186/s13059-024-03258-y
Recopilado por Carlos Cabrera Lozada. Miembro Correspondiente Nacional, ANM puesto 16. ORCID: 0000-0002-3133-5183. 14/05/2024
Resumen
Las regiones genómicas que siguen siendo poco conocidas, a menudo denominadas genoma oscuro, contienen una variedad de características funcionalmente relevantes y biológicamente informativas. Estos incluyen elementos virales endógenos (EVE, por sus siglas en inglés), secuencias derivadas de virus que pueden afectar drásticamente la biología del huésped y servir como un registro fósil de virus. En este estudio, introducimos un enfoque de cribado genómico integrado en la base de datos (DIGS) para investigar el genoma oscuro in silico, centrándonos en los EVE que se encuentran en los genomas de los vertebrados.
Resultados
Utilizando DIGS en 874 genomas de vertebrados, descubrimos aproximadamente 1,1 millones de secuencias de EVE, de las cuales más del 99% se originan a partir de retrovirus endógenos o elementos transponibles que contienen ADN de EVE. Mostramos que las 6038 secuencias restantes representan más de mil eventos distintos de transferencia horizontal de genes en 10 familias de virus, incluidos algunos que no se han informado previamente como EVE. Exploramos las características genómicas y filogenéticas de las EVE no retrovirales y determinamos sus tasas de adquisición durante la evolución de los vertebrados. Nuestro estudio descubre la diversidad de nuevos virus, amplía el conocimiento de la distribución del virus entre los huéspedes vertebrados y proporciona nuevos conocimientos sobre la ecología y la evolución de los virus vertebrados.
Conclusiones
Catalogamos y analizamos exhaustivamente los EVE dentro de 874 genomas de vertebrados, arrojando luz sobre la distribución, diversidad y evolución a largo plazo de los virus y revelando su amplio impacto en la evolución del genoma de los vertebrados. Nuestros resultados demuestran el poder de vincular un sistema de gestión de bases de datos relacionales con un canal de cribado basado en la búsqueda de similitudes para la exploración in silico del genoma oscuro.