CV. Caracterización Genómica de SARS-CoV-2 por Muestreo Probabilístico en Colombia Segundo Muestreo

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Recopilado por Carlos Cabrera Lozada. Director del postgrado de Medicina Materno Fetal. Universidad Central de Venezuela. ORCID: 0000-0002-3133-5183. 18/10/2021

Programa Nacional de Caracterización Genómica de SARS-CoV-2

Introducción: El programa Nacional de Caracterización Genómica ha fortalecido la capacidad técnica y científica de Colombia, permitiendo identificar cambios en la diversidad genética del SARS-CoV-2, monitoreando en tiempo real la dinámica epidemiológica de variantes que circulan en el país y contribuyendo al esclarecimiento de dinámicas de COVID-Objetivo: Determinar las dinámicas de proporción, establecimiento y reemplazo de variantes de SARS-CoV-2 en Colombia. Materiales y métodos: Mediante estrategia probabilística de corte transversal, entre julio y septiembre de 2021, se seleccionaron para secuenciación NGS, 2.324 muestras positivas para SARS-CoV-2 procesadas por RT-PCR en laboratorios de la red de diagnóstico del país correspondientes a 36 entidades territoriales. El tamaño de la muestra se estimó asumiendo una prevalencia del 22,83% (Figura 1). El genoma completo se obtuvo mediante secuenciación de amplicones utilizando el protocolo Artic V3. Resultados: Se recibieron 2175 muestras, se verificó el valor de CT≤25 en los extractos de ARN y se realizó secuenciación NGS y se obtuvieron 1.498 para asignación de linaje, los porcentajes de respuesta en cada fase mejoraron respecto al primer muestreo probabilístico, reflejando el fortalecimiento del Programa de Caracterización Genómica. En su orden la proporción de variantes circulantes fue: Mu (B.1.621) (76%), Delta (B.1.617.2, AY.x) (16%), y Gamma (P.1, P.1.x) (6%). Se evidenció la introducción de Delta al país desde el mes de Junio sin embargo el crecimiento no ha sido tan rápido como en otros países. Se encontró disminución de Gamma con respecto al tercer pico epidemiológico. Conclusiones: La estrategia de muestreo probabilístico disminuye el sesgo de selección y permite determinar la proporción, establecimiento y reemplazo de variantes luego del tercer pico de la pandemia y en vacunación activa en mayores de 12 años, reflejando la circulación real de variantes.

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