CV. Evolución acelerada del SARS-CoV-2 intrahost que conduce a genotipos distintos durante la infección crónica

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Chrispin Chaguza, et al. doi: https://doi.org/10.1101/2022.06.29.22276868

Recopilado por Carlos Cabrera Lozada. Miembro Correspondiente Nacional, ANM puesto 16 . ORCID: 0000-0002-3133-5183. 03/07/2022

Resumen

La hipótesis de la infección crónica para la nueva aparición de variantes del SARS-CoV-2 está ganando cada vez más credibilidad tras la aparición de Ómicron. Aquí investigamos la evolución intrahospedón y la diversidad genética del linaje B.1.517 durante una infección crónica por SARS-CoV-2 que dura 471 días (y aún en curso) con virus infecciosos constantemente recuperados y altas cargas virales. Durante la infección, encontramos una tasa evolutiva acelerada del virus que se traduce en 35 sustituciones de nucleótidos por año, aproximadamente dos veces más que la tasa evolutiva global de SARS-CoV-2. Esta evolución intrahost condujo a la aparición y persistencia de al menos tres genotipos genéticamente distintos que sugieren el establecimiento de poblaciones virales espacialmente estructuradas que resiembran continuamente diferentes genotipos en la nasofaringe. Finalmente, utilizando índices moleculares únicos para la secuenciación viral intrahost precisa, rastreamos la dinámica temporal de la diversidad genética para identificar mutaciones ventajosas y resaltar los cambios distintivos para la infección crónica. Nuestros hallazgos demuestran que las infecciones crónicas no tratadas aceleran la evolución del SARS-CoV-2, proporcionando en última instancia la oportunidad para la aparición de variantes genéticamente divergentes y potencialmente altamente transmisibles como se ve con Delta y Ómicron.

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