Juan David Ramírez, Marina Muñoz, Carolina Hernández, Carolina Flórez, Sergio Gomez, Angelica Rico, Lisseth Pardo, Esther C. Barros, and Alberto E. Paniz-Mondolfi
Desde su aparición en Wuhan (China) en diciembre de 2019, el coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2) se extendió rápidamente por todo el mundo. Después de su llegada a Sudamérica en febrero de 2020, el virus se expandió por toda la región, infectando a más de 900,000 personas con aproximadamente 41,000 muertes reportadas hasta la fecha. En respuesta al rápido crecimiento del número de casos, se han desarrollado una serie de diferentes conjuntos de sondas de cebador. Sin embargo, a pesar de ser altamente específicos, se sabe que la mayoría de estos conjuntos de sondas de cebador exhiben una sensibilidad variable. Actualmente, hay más de 300 secuencias del genoma completo de SARS-CoV2 depositadas en bases de datos de Brasil, Chile, Ecuador, Colombia, Uruguay, Perú y Argentina. Para probar cómo la diversidad viral regional puede afectar los sitios de unión al oligonucleótido, y afectar el rendimiento de la prueba, revisamos todos los conjuntos de sondas de cebadores disponibles que se dirigen a los genes E, N y RdRp contra los genomas sudamericanos de SARS-CoV-2 disponibles para verificar las variaciones de nucleótidos en los sitios de reconocimiento . Los resultados de este análisis in silico no mostraron variaciones de nucleótidos en la región objetivo del gen E, en contraste con los genes N y RdRp, que si mostraron variaciones masivas de nucleótidos dentro de los sitios de unión a oligo. En línea con los datos anteriores, nuestros resultados sugieren que el gen E se erige como el objetivo más conservado y confiable cuando se consideran las pruebas de objetivo de un solo gen para el diagnóstico molecular del SARS-CoV-2 en América del Sur.
