Las pandemias zoonóticas, como la causada por el SARS-CoV-2, pueden seguir al contagio de virus animales a poblaciones humanas altamente susceptibles. Sus descendientes se han adaptado al huésped humano y han evolucionado para evadir la presión inmunológica. Los coronavirus adquieren sustituciones más lentamente que otros virus de ARN, debido a una polimerasa de corrección de pruebas. En la glicoproteína de pico, encontramos deleciones recurrentes que superan esta tasa de sustitución lenta. Las variantes de deleción surgen en diversos antecedentes genéticos y geográficos, se transmiten de manera eficiente y están presentes en linajes novedosos, incluidos los de interés mundial actual. Con frecuencia ocupan regiones de deleción recurrente (RDR), que se asignan a epítopos de anticuerpos definidos. Las deleciones en los RDR confieren resistencia a los anticuerpos neutralizantes. Al alterar tramos de aminoácidos, las deleciones parecen acelerar la evolución antigénica del SARS-CoV-2 y pueden, de manera más general, impulsar la evolución adaptativa.
Fig. 1 Las deleciones en el pico de SARS-CoV-2 surgen durante infecciones persistentes de pacientes inmunosuprimidos.
(A) Arriba. Secuencias de virus aislados de PLTI1 (PT) y virus de pacientes con deleciones en la misma región NTD. Se muestran los cromatogramas para las secuencias de PLTI1, que incluyen la secuenciación de productos de transcripción inversa (CON) en masa y clones de ADNc individuales. Fondo. Secuencias de otras infecciones a largo plazo de los individuos AM (18) MA-JL (MA) (19) y una cohorte de MSK (M) con los individuos 2, 3, 4, 6, 8, 11, 13 (13) Letras (A y B) designar diferentes variantes de un mismo paciente. (B) Secuencias de virus de dos pacientes con deleciones en una región diferente del NTD. Todas las secuencias están alineadas con la secuencia de referencia (REF) MN985325 (WA-1). El análisis genético de los aislados de pacientes se encuentra en la fig. S1.