Expresión generalizada del antiguo grupo de provirus HERV-K (HML-2) en tejidos humanos normales

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Aidan Burn, et al. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3001826

Recopilado por Carlos Cabrera Lozada. Miembro Correspondiente Nacional, ANM puesto 16. ORCID: 0000-0002-3133-5183. 18/10/2022

Resumen

Se sabe que las transcripciones de retrovirus endógeno humano (HERV) están altamente expresadas en los cánceres, sin embargo, su actividad en el tejido no enfermo es en gran parte desconocida. Utilizando el conjunto de datos GTEx RNA-seq de tejido normal muestreado en la autopsia, caracterizamos la expresión individual del grupo reciente de provirus HERV-K (HML-2) en 13,000 muestras diferentes de 54 tejidos diferentes de 948 individuos. Las transcripciones de HML-2 se pudieron identificar en cada tejido muestreado y se elevaron en el cerebelo, la hipófisis, los testículos y la tiroides. Un total de 37 provirus individuales diferentes se expresaron en 1 o más tejidos, representando los 3 subgrupos LTR5. Se identificaron nueve provirus con transcripción impulsada por repetición terminal larga (LTR), 7 de los cuales pertenecían al subgrupo LTR5HS más reciente. Los provirus de diferentes subgrupos mostraron un sesgo en la expresión tisular, que puede estar asociado con diferencias en los sitios de unión al factor de transcripción en sus LTR. La expresión de provirus fue mayor en provirus evolutivamente más antiguos con un ancestro compartido más temprano de gorila o más antiguo. La expresión de HML-2 se vio afectada significativamente por el sexo biológico en 1 tejido, mientras que la edad y el momento de la muerte (puntuación de Hardy) tuvieron poco efecto. Los provirus que contienen marcos de lectura abiertos (ORF) intactos de gag, pro y env se expresaron en el conjunto de datos, y casi todos los tejidos medidos potencialmente expresan al menos 1 ORF intacto (gag).

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