Una nueva nomenclatura de linaje para ayudar a la vigilancia genómica del virus del dengue

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Verity Hill. et al. https://doi.org/10.1101/2024.05.16.24307504

Recopilado por Carlos Cabrera Lozada. Miembro Correspondiente Nacional, ANM puesto 16. ORCID: 0000-0002-3133-5183. 01/07/2024

Resumen 

El virus del dengue (DENV) está causando epidemias de alcance sin precedentes en entornos endémicos y expandiéndose a nuevas áreas geográficas. Por lo tanto, es fundamental rastrear este virus mediante vigilancia genómica. Sin embargo, los complejos patrones de diversidad genómica viral dificultan el uso del sistema de clasificación de genotipos existente. Aquí proponemos agregar dos niveles subgenotípicos de clasificación de virus, denominados linajes mayores y menores. Estos linajes tienen umbrales altos para la distancia filogenética y el tamaño del clado, lo que los hace estables entre estudios filogenéticos. Presentamos una herramienta de asignación para mostrar que los linajes propuestos son útiles para las discusiones regionales, nacionales y subnacionales sobre la diversidad relevante de DENV. Además, los linajes propuestos son robustos para la clasificación utilizando secuencias parciales del genoma. Proporcionamos un descriptor neutral estandarizado de la diversidad de DENV con el que podemos identificar y rastrear linajes de posible importancia epidemiológica y/o clínica. La información sobre nuestro sistema de linajes, incluidos los métodos para asignar linajes a los datos de secuencia y proponer nuevos linajes, se puede encontrar en: dengue-lineages.org.

Academia Nacional de Medicina