CV. Aparición y circulación generalizada de un linaje recombinante de SARS-CoV-2 en América del Norte

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Bernardo Gutiérrez, et al. doi: https://doi.org/10.1101/2021.11.19.21266601

Recopilado por Carlos Cabrera Lozada. Miembro Correspondiente Nacional, ANM puesto 16. ORCID: 0000-0002-3133-5183. 22/11/2021

Resumen

La recombinación genética es una importante fuerza impulsora de la evolución del coronavirus. Si bien se ha informado de cierto grado de recombinación del virus durante la pandemia de COVID-19, los linajes recombinantes detectados previamente del SARS-CoV-2 han mostrado una circulación limitada y se han observado solo en áreas restringidas. Impulsados por informes de similitudes genéticas inusuales entre varios linajes Pango detectados principalmente en América del Norte y Central, presentamos un análisis filogenético detallado de cuatro linajes SARS-CoV-2 (B.1.627, B.1.628, B.1.631 y B.1.634) con el fin de investigar la posibilidad de recombinación del virus entre ellos. Dos de estos linajes, B.1.628 y B.1.631, se dividen en dos grupos distintos (aquí llamados mayor y menor). Nuestros análisis filogenéticos y de recombinación de estos linajes encuentran diferencias filogenéticas bien respaldadas entre la región de Orf1ab y el resto del genoma (proteína S y marcos de lectura restantes). Los linajes también contienen varias deleciones en las proteínas NSP6, Orf3a y S que pueden aumentar la reconstrucción de historias evolutivas confiables. Al conciliar las deleciones y los datos filogenéticos, concluimos que el grupo principal B.1.628 se originó a partir de un evento de recombinación entre un virus principal B.1.631 y un virus del linaje B.1.634. Este escenario inferido a partir de datos genéticos está respaldado por la distribución espacial y temporal de los tres linajes, que todos cocircularon en los Estados Unidos y México durante 2021, lo que sugiere que esta región es donde tuvo lugar el evento de recombinación. Por lo tanto, apoyamos la designación del grupo principal B.1.628 como linaje recombinante XB en la nomenclatura Pango. La circulación generalizada del linaje XB en varios países durante un período de tiempo más largo que el linaje XA recombinante previamente designado plantea preguntas importantes sobre el papel y los posibles efectos de la recombinación en la evolución del SARS-CoV-2 durante la actual pandemia de COVID-19.

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