Hay, James, Stephen Kissler, Joseph R. Fauver, Christina Mack, Caroline G. Tai, et al. 2022. «Dinámica viral y duración de la positividad de la PCR de la variante Omicron del SARS-CoV-2». Preimpresión. Enlace citable a esta página: https://nrs.harvard.edu/URN-3:HUL.INSTREPOS:37370587
Recopilado por Carlos Cabrera Lozada. Miembro Correspondiente Nacional, ANM puesto 16. ORCID: 0000-0002-3133-5183. 15/01/2022
Resumen
Antecedentes: La variante Ómicron SARS-CoV-2 es responsable de una ola importante de COVID-19, con recuentos récord de casos que reflejan una alta transmisibilidad y escape de la inmunidad previa. Definir el curso temporal de la proliferación y eliminación viral de Omicron es crucial para informar los protocolos de aislamiento con el objetivo de minimizar la propagación de la enfermedad.
Métodos: Obtuvimos resultados longitudinales y cuantitativos de la prueba RT-qPCR utilizando narinas anteriores combinadas y muestras orofaríngeas (n = 10,324) recolectadas entre el 5 de julio de 2021 y el 10 de enero de 2022 del programa de salud ocupacional de la Asociación Nacional de Baloncesto (NBA).
Se cuantificó la fracción de pruebas con valores de umbral de ciclo de PCR (Ct) <30, elegidos como proxy de la posible infectividad y positividad de las pruebas de antígenos, en cada día después de la primera detección de infecciones por Ómicron sospechosas y confirmadas, estratificadas por individuos detectados bajo protocolos de prueba frecuentes y aquellos detectados debido al inicio de los síntomas o la preocupación por el contacto con un individuo infectado. Cuantificamos la du-ración de proliferación viral, la tasa de aclaramiento y la concentración viral máxima para individuos con infecciones agudas por SARS-CoV-2 variantes de Ómicron y Delta.
Resultados: Se confirmaron o sospecharon un total de 97 infecciones por la variante Ómicron y 107 por la variante
Delta. De 27 individuos infectados con Ómicron que realizaron pruebas positivas ≤1 día después de una prueba previa negativa o no concluyente, el 52,0% (13/25) fueron PCR positivos con valores de Ct <30 en el día 5, 25,0% (6/24) en el día 6 y 13,0% (3/23) en el día 7 después de la detección. De los 70 individuos infectados con Ómicron detectados ≥2 días después de una prueba previa negativa o no concluyente, el 39,1% (25/64) fueron PCR positivos con valores de CT <30 en el día 5, 33,3% (21/63) en el día 6 y 22,2% (14/63) en el día 7 después de la detección. En general, las infecciones por Ómicron presentaron una duración media de 9,87 días (IC del 95%: 8,83-10,9) en relación con 10,9 días (IC del 95%: 9,41-12,4) para las infecciones por Delta. El pico de ARN viral basado en los valores de Ct fue menor para las infecciones por Ómicron que para las infecciones por Delta (Ct 23,3; IC del 95%: 22,4-24,3 para Ómicron ; Ct 20,5, IC del 95%: 19,2-21,8 para Delta) y la fase de aclaramiento fue más corta para las infecciones por Ómicron (5,35 días, IC del 95%: 4,78-6,00 para Ómicron ; 6,23 días, IC del 95%: 5,43-7,17 para Delta), aunque la tasa de aclaramiento fue similar (3,13 Ct/día, IC del 95%: 2,75-3,54 para Ómicron ; 3,15 Ct/día, IC del 95%: 2,69-3,64 para Delta).
Conclusiones: Si bien las infecciones por Ómicron presentan un pico de ARN viral más bajo y una fase de aclaramiento más corta que las infecciones delta en promedio, no está claro hasta qué punto estas diferencias son atribuibles a una mayor inmunidad en esta población en gran parte vacunada o a las características intrínsecas de la variante de Ómicron .
Además, estos resultados sugieren que la infecciosidad de Ómicron puede no explicarse por una mayor carga viral medida en la nariz y la boca por RT-PCR. La fracción sustancial de individuos con valores de Ct <30 a los días 5 de la infección, particularmente en aquellos detectados debido al inicio de los síntomas o la preocupación por el contacto con un individuo infectado, subraya la heterogeneidad del pe-riod infeccioso, con implicaciones para las políticas de aislamiento.
Hola. Felicitaciones por su estudio. Sugiero estudiar con precisión la “Fiabilidad de los resultados de las pruebas PCR”, tenidas casi como infalibles en casos, cuando dichos resultados PCR no coinciden o se contradicen con la clínica del paciente, según opinión de vari@s medic@s.