CV. Esfuerzo de secuenciación genómica para el SARS-CoV-2 por país durante la pandemia. International Journal of Infectious Diseases, Febrero 2021.

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Desde la aparición del coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2), se han realizado enormes esfuerzos para secuenciar el genoma viral de muestras recolectadas en todo el mundo. Aquí, evaluamos el desempeño de varios países en la secuenciación desde las perspectivas de «fracción», «oportunidad» y «apertura». Descubrimos que se secuenciaron altas proporciones de muestras en el Reino Unido, Estados Unidos, Australia e Islandia; la secuenciación se realizó rápidamente en Islandia, los Países Bajos y la República Democrática del Congo; y se compartieron oportunamente datos de los Países Bajos, los Estados Unidos, Islandia y el Reino Unido. Aunque muchos países en desarrollo tienen un alto número de casos infectados por SARS-CoV-2 pero pocas secuencias publicadas, observamos un buen desempeño en los esfuerzos de secuenciación para algunos países de ingresos bajos y medianos. Un mayor fortalecimiento de la capacidad de secuenciación a nivel mundial ayudaría en la lucha no solo contra la pandemia actual sino también contra futuros brotes de enfermedades virales.

En general, EE. UU., Islandia, los Países Bajos, el Reino Unido y Australia mostraron un gran desempeño en los tres indicadores de secuenciación de esfuerzos. El número de secuencias genómicas del SARS-CoV-2 depositadas en la base de datos GISAID ha aumentado sustancialmente día a día. Los esfuerzos de secuenciación siguen mejorando en muchos países, aunque el presente estudio se centró solo en la fase inicial de la epidemia en cada país. Otra advertencia es que no verificamos la calidad de los datos de la secuencia, como una puntuación Q y nucleótidos ambiguos. Desafortunadamente, hay muchos datos de secuencia de baja calidad en la base de datos que afectarían los análisis evolutivos y filogenéticos (De Maio et al., 2020). Ese punto también debería investigarse para evaluar los esfuerzos de secuenciación en el futuro.

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