Felipe Gomes Naveca, et al. Coronavirus SARS-CoV-2nCoV-2019 Epidemiología genómica
Recopilado por Carlos Cabrera Lozada. Miembro Correspondiente Nacional, ANM puesto 16. ORCID: 0000-0002-3133-5183. 06/02/2022
Dos oleadas epidémicas exponenciales de COVID-19 golpearon fuertemente el estado brasileño de Amazonas a principios de 2020 y principios de 2021, impulsadas por las variantes B.1 del SARS-CoV-2 (principalmente B.1.195 y B.1.1.28) y la variante de preocupación (VOC) Gamma (P.1), respectivamente [1, 2]. La alta prevalencia de individuos con inmunidad híbrida (natural o inducida por vacunas) en este estado brasileño [3-5] limitó con éxito la expansión previa de covs Gamma plus (P.1.) [6] y Delta (B.1.617.2/AY.) [7] que surgió y se extendió durante el segundo semestre de 2021 en el Amazonas. En consecuencia, el virus circuló a un nivel aproximadamente de estado estacionario de ~ 50-500 casos positivos de SARS-CoV-2 por día (promedio móvil de 7 días) desde principios de mayo hasta finales de diciembre de 2021 [8]. Sin embargo, en enero de 2022, el número medio diario de casos positivos de SARS-CoV-2 en el Amazonas aumentó rápidamente de ~ 90 a ~ 6,500, coincidiendo con la propagación global del escape inmune VOC Ómicron (B.1.1.529 / BA.*) [9].
Para dar seguimiento a la evolución más reciente del SARS-CoV-2 en el Amazonas, secuenciamos el genoma del virus de 1.260 pacientes (707 mujeres, mediana de edad de 36 años, IQR 26-47 y 553 hombres, mediana de edad 37, IQR 28-51), recogidos entre el 1 de diciembre de 2021 y el 17 de enero de 2022, lo que representa el 2,9% de todos los casos de SARS-CoV-2 confirmados en laboratorio en el estado en ese período (n = 43.288) (Fig. 1 ). La Fundación de Vigilancia sanitaria del estado de Amazonas y el Laboratorio Central del Estado de Amazonas (LACEN-AM) enviaron muestras positivas para sars-CoV-2 de 27 de los 62 municipios para su secuenciación en FIOCRUZ Amazônia, parte de la red local de genómica de la salud (REGESAM) y el consorcio FIOCRUZ COVID-19 Genomics Surveillance Network del Ministerio de Salud de Brasil [10]. La mayoría de las muestras fueron de la capital Manaos (n = 926, 74%), seguida de la región Metropolitana (n = 163, 13%) y los municipios interiores de las regiones Central (n = 139, 11%), Sur (n = 23, 2%) y Suroeste (n = 9,