El presente estudio tuvo como objetivo predecir una nueva vacuna quimérica dirigiéndose simultáneamente a cuatro proteínas estructurales principales mediante el establecimiento de una relación ancestral entre diferentes cepas de coronavirus. Las regiones conservadas de los conjuntos de proteínas homólogas de glicoproteína de pico, proteína de membrana, proteína de envoltura y proteína de nucleocápside se identificaron mediante alineación de secuencias múltiples. Los análisis de filogenia del genoma completo indicaron que cuatro proteínas reflejaban la estrecha relación ancestral del SARS-CoV-2 con el SARS-COV-1 y el coronavirus de murciélago. Se generaron numerosos epítopos inmunogénicos (tanto de linfocitos T como de linfocitos B) a partir de los fragmentos comunes que se clasificaron adicionalmente sobre la base de antigenicidad, topología transmembrana, nivel de conservación, patrón de toxicidad y alergenicidad y análisis de cobertura de población. Los epítopos supuestos superiores se combinaron con adyuvantes y enlazadores apropiados para construir una nueva vacuna de subunidades de múltiples epítopos contra COVID-19. Los constructos diseñados se caracterizaron con base en las propiedades físico-químicas, alergenicidad, antigenicidad y solubilidad que revelaron la superioridad del constructo V3 en términos de seguridad y eficacia. La dinámica molecular esencial y el análisis de modo normal confirmaron una deformabilidad mínima del modelo refinado a nivel molecular. Además, se investigó la ingeniería de disulfuro para acelerar la estabilidad de la proteína. El estudio de acoplamiento molecular aseguró una alta afinidad de unión entre el constructo V3 y las células HLA, así como con diferentes receptores del huésped. La expresión microbiana y la eficacia de traducción de las construcciones se verificaron usando el vector pET28a (+) de la cepa K12 de E. coli. Sin embargo, la validación in vivo e in vitro de la molécula de vacuna sugerida podría garantizarse con ensayos de laboratorio húmedo utilizando animales modelo para la implementación de los datos presentados.
