CV. N Gene Target Failure (NGTF) para la detección de Ómicron: ¿una salida para la «sigilosa» también?

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Shivangi Harankhedkar, et al. doi: https://doi.org/10.1101/2022.01.28.22269801

Recopilado por Carlos Cabrera Lozada. Miembro Correspondiente Nacional, ANM puesto 16. ORCID: 0000-0002-3133-5183. 02/02/2022

Resumen

La falla objetivo del gen S (SGTF) no es específica ni precisa para la identificación del linaje Ómicron del SARS-CoV-2. Observamos insuficiencia objetivo del gen N (NGTF) en 402 de los 412 casos positivos de SARS-CoV2 desde diciembre hasta mediados de enero de 2022 utilizando un ensayo disponible comercialmente. Este fenómeno no se observó con más de 15.000 casos probados previamente. Secuenciamos el genoma de cinco muestras con NGTF y comparamos estos resultados con seis casos en los que no se observó NGTF. Confirmamos que los casos con NGTF eran el linaje Ómicron , mientras que los casos con amplificación preservada del gen N pertenecían al linaje Delta. Descubrimos que la deleción ERS31-33 (nucleótido 28362-28370del) se superpone con la sonda del gen N utilizada, lo que explica NGTF. Como la variante «sigilosa» de Ómicron también alberga la eliminación de ERS31-33, este enfoque también funcionará para la detección de la variante de Ómicron «sigilosa». Sugerimos que NGTF se puede utilizar como una estrategia de detección rápida y de bajo costo para la detección de Ómicron .

Declaración de intereses contrapuestos

Los autores no han declarado ningún interés en contra.

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