La comprensión cada vez mayor de cómo la información de secuencias puede contribuir a mejorar la salud pública está impulsando las inversiones mundiales en instalaciones y programas de secuenciación. El costo decreciente y la complejidad de generar GSD brindan oportunidades para expandir la capacidad de secuenciación; sin embargo, persisten desafíos para la implementación generalizada. Este documento proporciona a los responsables de la formulación de políticas y a las partes interesadas una guía sobre cómo maximizar el beneficio para la salud pública de las actividades de secuenciación genómica del SARS-CoV-2 a corto y largo plazo a medida que la pandemia continúa desarrollándose. Se tratan las consideraciones prácticas para la implementación de un programa de secuenciación genómica de virus y una descripción general de los objetivos de salud pública de la secuenciación genómica. Esta guía se centra en el SARS-CoV-2, pero es aplicable a otros patógenos de interés para la salud pública.