CV. Transmisión del linaje B.1.1.7 del SARS-CoV-2 en Inglaterra: conocimientos de la vinculación de datos epidemiológicos y genéticos. Virological.org, 02/01/2020

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El linaje B.1.1.7 del SARS-CoV-2, ahora designado Variant of Concern 202012/01 (VOC) por Public Health England, se originó en el Reino Unido a fines del verano hasta principios del otoño de 2020. Examinamos la evidencia epidemiológica de que este VOC tiene un ventaja de transmisión desde varias perspectivas. En primer lugar, los datos de la secuencia del genoma completo recopilados a partir de pruebas de diagnóstico basadas en la comunidad proporcionan una indicación de la prevalencia cambiante de diferentes variantes genéticas a lo largo del tiempo. El modelado filodinámico también indica que la diversidad genética de este linaje ha cambiado de manera consistente con el crecimiento exponencial. En segundo lugar, encontramos que los cambios en la frecuencia de COV inferidos a partir de datos genéticos se corresponden estrechamente con los cambios inferidos por fallas en el objetivo del gen S (SGTF) en las pruebas de PCR de diagnóstico basadas en la comunidad. En tercer lugar, examinamos las tendencias de crecimiento en números de casos SGTF y no SGTF a nivel de área local en Inglaterra, y mostramos que el VOC tiene una mayor transmisibilidad que los linajes sin VOC, incluso si el VOC tiene un período latente o tiempo de generación diferente. Los datos de SGTF disponibles indican un cambio en la composición por edad de los casos notificados, con una mayor proporción de menores de 20 años entre los casos de VOC notificados que los casos sin VOC. En cuarto lugar, evaluamos la asociación de la frecuencia de COV con estimaciones independientes del número total de reproducción del SARS-CoV-2 a lo largo del tiempo. Finalmente, ajustamos un modelo semi-mecanicista directamente asociado a la incidencia de casos locales de COV y no COV para estimar los números de reproducción en el tiempo para cada uno. Existe un consenso entre todos los análisis de que el VOC tiene una ventaja de transmisión sustancial, con la diferencia estimada en los números de reproducción entre VOC y no VOC entre 0.4 y 0.7, y la proporción de números de reproducción entre 1.4 y 1.8. Observamos que estas estimaciones de la ventaja de transmisión se aplican a un período en el que existían altos niveles de distanciamiento social en Inglaterra; por tanto, la extrapolación a otros contextos de transmisión requiere precaución.

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