Distintas trayectorias evolutivas en el pangenoma de Escherichia coli ocurren dentro de los tipos de secuencia

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Elizabeth A. Cumminset al. Distintas trayectorias evolutivas en el pangenoma de Escherichia coli ocurren dentro de los tipos de secuencia — Universidad de Birmingham

Recopilado por Carlos Cabrera Lozada. Miembro Correspondiente Nacional, ANM puesto 16. ORCID: 0000-0002-3133-5183. 25/11/2022

Resumen

La especie de Escherichia coli contiene un conjunto diverso de tipos de secuencias y quedan preguntas importantes con respecto a las diferencias en el contenido genético dentro de esta población que deben abordarse. Los pangenomas son vehículos útiles para estudiar el contenido de genes dentro de los tipos de secuencia. Aquí, analizamos 21 pangenomas de tipo secuencia de E. coli utilizando pangenómica comparativa para identificar la varianza tanto en la estructura como en el contenido del pangenoma. Presentamos desgloses funcionales de genomas centrales de tipo secuencia e identificamos tipos de secuencia que están enriquecidos en genes de metabolismo, transcripción y biogénesis de membrana celular. También descubrimos genes del metabolismo que tienen una clasificación central variable, dependiendo de qué alelo esté presente. Nuestro enfoque pangenómico comparativo permite una exploración detallada de pangenomas de tipo secuencia dentro del contexto de la especie. Mostramos que la ganancia y pérdida continua de genes en el pangenoma de E. coli es específica del tipo de secuencia, lo que puede ser una consecuencia de distintos impulsores evolutivos específicos del tipo de secuencia.

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