Ghalia Rehawi, et al. doi: https://doi.org/10.1101/2025.03.24.640781
Recopilado por Carlos Cabrera Lozada. Individuo de Número, ANM Sillón VII. ORCID: 0000-0002-3133-5183. 23/08/2025
Resumen
Los patrones de expresión específicos de isoformas se han implicado en trastornos psiquiátricos relacionados con el estrés como el trastorno depresivo mayor (TDM), pero el alcance de su participación y sus interrelaciones siguen sin estar claras.
Construimos redes de coexpresión para individuos afectados (n = 210, 81% con síntomas depresivos) y no afectados (n = 95) por trastornos psiquiátricos relacionados con el estrés. Incorporamos datos de expresión génica total (TE) y relación de isoformas (IR) y validamos las redes inferidas utilizando técnicas avanzadas de generación de gráficos.
Nuestro análisis reveló una topología y estructura de red distintas entre los dos grupos. La investigación de los 127 centros compartidos (grado > = 10) encontró que estos centros exhiben patrones de corregulación únicos para cada red. La red de las personas afectadas también contenía 61 nodos centrales con un aumento mínimo absoluto de dos veces en la conectividad en comparación con la red de las personas no afectadas. En particular, el 49% de estos centros mostraron evidencia de asociación con trastornos psiquiátricos. El análisis de enriquecimiento de Gene Ontology reveló distintos procesos biológicos asociados con los centros, como el procesamiento del ARNm para la respuesta inmune y afectada y la adhesión celular para individuos no afectados. El análisis de enriquecimiento de los loci GWAS respaldó aún más los hallazgos específicos de la red. El análisis de los nodos específicos de la isoforma mostró distintas interacciones proteína-proteína en comparación con el análisis a nivel de gene.
Este es el primer estudio que demuestra diferencias a nivel de red en los patrones de coexpresión de genes e isoformas entre individuos con y sin trastornos psiquiátricos relacionados con el estrés, con un enfoque particular en los síntomas depresivos. Nuestros hallazgos proporcionan evidencia de un recableado sustancial de las redes reguladoras de genes en individuos afectados. La incorporación de datos a nivel de isoforma reveló un nivel más profundo de complejidad, lo que destaca la importancia de considerar las variaciones de isoformas para comprender la base molecular de estas condiciones.