CM. Genopo: un estuche de herramientas de análisis de secuenciación de ADN y ARN por nanoporos para dispositivos Android portátiles. Nature Communications Biology. 29/09/2020

La llegada de los dispositivos portátiles de secuenciación de nanoporos ha permitido realizar la secuenciación de ADN y ARN en el campo o en la clínica. Sin embargo, los avances en la genómica in situ requieren el desarrollo paralelo de soluciones portátiles y fuera de línea para el análisis computacional de los datos de secuenciación. Aquí presentamos Genopo, un kit de herramientas móvil para el análisis de secuenciación de nanoporos, que compacta herramientas de bioinformática populares en una aplicación de Android, lo que permite una computación totalmente portátil. Para demostrar su utilidad para el análisis del genoma in situ, utilizamos Genopoto para determinar la secuencia completa del genoma del coronavirus humano SARS-CoV-2 en nueve aislados de pacientes secuenciados en un dispositivo nanoporo, con Genopoto ejecutando este flujo de trabajo en menos de 30 minutos por muestra en una gama de teléfonos inteligentes populares. Además, mostramos cómo se puede utilizar Genopo para perfilar la metilación del ADN en una muestra de genoma humano, lo que ilustra una arquitectura flexible y eficiente que es adecuada para ejecutar muchas herramientas bioinformáticas populares y acomodar genomas pequeños o grandes. Como la primera aplicación de teléfono inteligente para el análisis de secuenciación de nanoporos, Genopo permite a la comunidad de genómica aprovechar este recurso computacional barato y ubicuo.

Deja un comentario

Tu dirección de correo electrónico no será publicada. Los campos obligatorios están marcados con *

7 − dos =