En el estudio actual, utilizamos cultivos celulares para detectar virus viables en muestras respiratorias recolectadas en serie (muestras nasofaríngeas y de esputo) obtenidas de 20 pacientes inmunodeprimidos que tenían Covid-19 (Fig. 1A). Estos pacientes incluyeron 18 receptores de trasplantes de células madre hematopoyéticas o terapia de células T con receptores de antígenos quiméricos (CAR) y 2 pacientes con linfoma. Covid-19 fue diagnosticado entre el 10 de marzo y el 20 de abril de 2020, con el uso de una prueba de amplificación de ácido nucleico de CDC modificada. Se aisló virus vivo en células Vero y se identificaron variantes genéticas mediante la secuenciación del genoma completo de especímenes nasofaríngeos y cultivados (consulte la sección Métodos complementarios del Apéndice complementario, disponible con el texto completo de esta carta en NEJM.org ). Las características demográficas de los pacientes, el historial médico y el curso clínico de Covid-19 se extrajeron de los registros médicos.
La secuenciación del genoma completo detectó lecturas virales en todas las muestras y produjo más del 95% de genomas completos de SARS-CoV-2 para 37 de 57 muestras nasofaríngeas obtenidas de 17 pacientes y las 18 muestras cultivadas (números de acceso, EPI_ISL_583426 a EPI_ISL_583480 [55 genomas completos]). Se obtuvieron genomas de muestras seriadas de 11 pacientes, hasta el día 63 después del inicio de los síntomas. Cada paciente estaba infectado por un virus distinto y no hubo cambios importantes en las secuencias de consenso de las muestras seriadas originales o de los aislados cultivados (Fig. 1B); Estos hallazgos fueron consistentes con una infección persistente. Los pacientes con inmunosupresión profunda después de someterse a un trasplante de células madre hematopoyéticas o recibir terapias celulares pueden eliminar el SARS-CoV-2 viable durante al menos 2 meses.
