CV. La epidemiología genómica identifica la emergencia y la transmisión rápida del SARS-CoV-2 B.1.1.7 en los Estados Unidos. Preimpreso, 07/02/2021

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En enero de 2021, la variante B.1.1.7 altamente transmisible del SARS-CoV-2, que se identificó por primera vez en el Reino Unido (Reino Unido), se ha afianzado con fuerza en todo el mundo. Debido al aumento repentino y rápido de B.1.1.7, investigamos la prevalencia y la dinámica de crecimiento de esta variante en los Estados Unidos (EE. UU.), Rastreando hasta su aparición temprana y transmisión local en adelante. Descubrimos que la anomalía de prueba de RT-qPCR de falla del objetivo del gen S (SGTF), observada por primera vez en el Reino Unido, era un proxy confiable para la detección de B.1.1.7. Secuenciamos 212 B.1.1.7 genomas de SARS-CoV-2 recolectados de instalaciones de prueba en los EE. UU. Desde diciembre de 2020 hasta enero de 2021. Encontramos que, si bien la fracción de B.1.1.7 entre las muestras de SGTF varió según el estado, la detección de la la variante aumentó a una tasa logística similar a las observadas en otros lugares, con una tasa de duplicación de poco más de una semana y una tasa de transmisión aumentada del 35-45%. Al realizar análisis filodinámicos bayesianos conscientes del tiempo, revelamos varias introducciones independientes de B.1.1.7 en los EE. UU. A fines de noviembre de 2020, con una transmisión comunitaria en adelante que permite que la variante se extienda a al menos 30 estados a partir de enero de 2021. El estudio muestra que EE. UU. se encuentra en una trayectoria similar a la de otros países donde B.1.1.7 se convirtió rápidamente en la variante dominante del SARS-CoV-2, lo que requiere una acción inmediata y decisiva para minimizar la morbilidad y la mortalidad por COVID-19.

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.02.06.21251159v1

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