La proteína Spike del SARS-CoV-2 es fundamental para la infección por virus a través de la participación de ACE2, y la variación de aminoácidos en Spike se aprecia cada vez más. Dado que tanto las vacunas como las terapias están diseñadas alrededor de Wuhan-1 Spike, esto plantea la posibilidad teórica de un escape del virus, particularmente en individuos inmunodeprimidos donde ocurre una replicación viral prolongada. Aquí reportamos el escape fatal del SARS-CoV-2 de los anticuerpos neutralizantes en un individuo inmunodeprimido tratado con plasma convaleciente, generando secuencias ultraprofundas del genoma completo mediante tecnologías de lectura corta y larga durante 23 puntos de tiempo que abarcan 101 días. Se observaron pocos cambios evolutivos en la población viral durante los primeros 65 días a pesar de dos cursos de remdesivir. Sin embargo, después del plasma convaleciente, observamos cambios dinámicos en la población de virus, con la aparición de una cepa viral dominante que lleva D796H en S2 y ΔH69 / ΔV70 en el S1 NTD de la proteína Spike. A medida que disminuyó la neutralización del suero, los virus con el genotipo de escape disminuyeron en frecuencia, antes de regresar durante un curso final fallido de plasma convaleciente. In vitro, la variante de escape de Spike confirió una disminución de la sensibilidad a múltiples unidades de plasma / suero convaleciente de diferentes pacientes recuperados, mientras mantenía una infectividad similar a la del tipo salvaje. Estos datos revelan una fuerte selección positiva en el SARS-CoV-2 durante la terapia con plasma de convalecencia e identifican la combinación de las mutaciones de Spike D796H y ΔH69 / ΔV70 como un amplio mecanismo de resistencia de anticuerpos contra las respuestas de anticuerpos comunes al SARS-CoV-2.
