CV. Variantes alarmantes de COVID muestran el papel vital de la vigilancia genómica. Nature, 15/01/2021

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Los esfuerzos para rastrear las secuencias del SARS-CoV-2 han ayudado a identificar variantes preocupantes, pero los investigadores no ven las mutaciones emergentes en algunas regiones.

«La epidemiología genómica alcanzó la mayoría de edad durante esta pandemia», dice Oliver Pybus, que estudia la evolución de las enfermedades infecciosas en la Universidad de Oxford, Reino Unido. Se transformó de un «remanso teórico» a una herramienta que ayuda a impulsar rápidamente las decisiones de salud pública, dice. Pero para ser lo más eficaz posible, la vigilancia debe estar generalizada, estandarizada e incorporada en los programas nacionales de prevención de pandemias, dicen los científicos.

Redes de vigilancia

La clave para una buena vigilancia es la secuenciación y el intercambio de genomas suficientes para rastrear mutaciones y variantes preocupantes a medida que surgen. El año pasado, se secuenciaron y almacenaron más de 360.000 genomas del SARS-CoV-2 en GISAID, una base de datos en línea sin fines de lucro para compartir genomas virales. La distribución geográfica de las secuencias de GISAID es amplia y abarca más de 140 países. Pero la mayoría de los países han subido solo una pequeña cantidad de secuencias. Dos excepciones son el Reino Unido y Dinamarca, que representan respectivamente el 45% y el 7% de los genomas del SARS-CoV-2 en la base de datos.

Las redes de vigilancia van desde grandes programas nacionales hasta pequeñas operaciones de base. En junio de 2020, los investigadores lanzaron la Red de Vigilancia Genómica en Sudáfrica para secuenciar los genomas del SARS-CoV-2 que circulan en el país. El grupo carecía de los recursos para secuenciar un gran número de genomas, por lo que se conformó con una muestra aleatoria de 50 a 100 por semana, dice Tulio de Oliveira, bioinformático de la Universidad de KwaZulu-Natal en Durban y miembro de la red.

Aún así, la modesta operación ha dado sus frutos. En noviembre, un gran hospital de la provincia de Eastern Cape se puso en contacto con De Oliveira para informar sobre un número sospechosamente alto de casos de COVID-19 en la región. Su equipo revisó su base de datos de secuencias y rápidamente identificó una nueva variante del SARS-CoV-2 que representa el 90% de las nuevas infecciones en algunas regiones. La variante, conocida como 501Y.V2, tenía ocho mutaciones en los genes que controlan la proteína de pico, que usa para ingresar a las células, un número alto en comparación con otras cepas dominantes que circulan en el país. De Oliveira planteó la hipótesis de que los cambios en el pico podrían hacer que el virus infecte mejor a las personas, lo que podría explicar la rápida propagación de esta variante.

De Oliveira compartió el análisis con Andrew Rambaut, un biólogo evolutivo de la Universidad de Edimburgo que forma parte del esfuerzo de vigilancia genómica del Reino Unido, el COVID-19 Genomics Consortium (COG-UK); al hacerlo, enfatizó una mutación particularmente preocupante conocida como N501Y. El equipo de Rambaut rastreó las decenas de miles de secuencias del COG-UK y encontró una variante que compartía la mutación. Esta variante, ahora llamada B.1.1.7, también tenía un lote de mutaciones inquietantes. El equipo de Rambaut sugirió que los cambios podrían explicar la rápida propagación de la variante en el Reino Unido a fines del año pasado.

Los investigadores compartieron sus descubrimientos con funcionarios de ambos países, lo que provocó restricciones más estrictas de movimiento.

Sharon Peacock, microbióloga de la Universidad de Cambridge, Reino Unido, se complace en ver la política de información sobre vigilancia. Peacock, quien preside COG-UK, dice que enfrentó un rechazo cuando propuso el consorcio en marzo. Los coronavirus mutan lentamente en comparación con la influenza, y algunos investigadores advirtieron que los esfuerzos de vigilancia encontrarían solo un montón de mutaciones sin sentido. Pero su propuesta ganó el día y una subvención de £ 20 millones (US $ 27 millones). El verdadero impacto de la vigilancia genómica quedará claro cuando la gente vea evidencia de que previno enfermedades y muertes, dice Peacock.

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